天然水晶是大自然的产物，它生于地下，形成过程需要上亿年的时间。水晶生长在地壳深处，通常都要经历火山和地震。在形成过程中凝结了巨大的热量和力量，然后由种子水晶将其释放出来。种子是由一个单一的硅原子在高温高压的作用下，与两个在高温状态下的水原子或周围的蒸汽中释放出来的氧原子组合而成。原子组合以后就形成了带有单一水晶细胞的二氧化硅，所有的水晶都是由这种物质组成的，其副产品为氢。
常见的无色水晶，形成温度为200—350°C，属中温热液形成，而紫晶形成温度为 160-180°C，温度较低。该类水晶矿床产于俄罗斯、巴西、乌拉圭、印度、美国、中国等国家。白水晶、黄晶、紫晶和烟晶的形成与中酸性岩浆期后的热液活动有关，以脉状产出，受构造裂隙控制，以充填方 式形成。
包裹体水晶形成原因
水晶在形成自己的晶体过程中，往往因为频繁的地质运动，形成了最具水晶特色的包裹体观赏石，这类包裹体水晶的形成原因一般有三类：
1. 在水晶结晶的地方先存在一些物质，水晶结晶的时候把这些物质包裹在里面，这类包裹体俗称“全包裹体”。这类包裹体所形成的各种景象。大多保持了水晶结晶时的原状，也就是说保存了几亿年的原状，极少受到自然环境的影响，因为大自然改变的大多是水晶石的表面。
2. 在水晶结晶后，由于晶体受到地球引力的影响而产生裂隙。晶体外的一些物质通过水晶的裂缝渗透到水晶内部，形成了各种景象。这些渗进水晶内的物质俗称“半包裹体”。我们可以看到物质渗进水晶的痕迹，常被称为“通道”。这种包裹体所形成的景象相对较易受自然环境和时间的影响。
3. 因某些其他的矿物与水晶体共生，或由于其他物质侵蚀而附着于水晶表面，或者是水晶受自然环境的影响，在水晶体表面出现腐蚀现象，形成了一些景象或图案，这种景象或图案俗称“皮景”。
水晶颜色的形成原因
水晶的颜色，可分无色、乳白色、紫色、黄色、粉色、红色、绿色、紫黄色、烟色、茶色和黑色等。
根据矿物的致色理论，水晶的颜色属于他色。所谓他色，即矿物中的混入物，如带色杂质、气液包裹体等，这些外来物质与矿物本身的成分结构无关，由这种因素引起的颜色称为矿物的他色。下面简要介绍水晶的致色原因。
无色水晶为纯净的二氧化硅结晶体；
紫水晶的紫色，因成分中含有微量的Fe3+和Mn2+ 而致色；
黄水晶的黄色，因成分中含有微量的 Fe2+和结构水H20而致色；
粉晶的粉红色，因成分中含有微量 Mn2+和 Ti4+而致色；
红水晶的红色，因成分中含有极其细微的红色包裹体矿物质而致色；
双色水晶的紫色和黄色，双色是由于水晶内的双晶所致色，紫色和黄色分别发育于双晶单体中的r面和z面。
上述的水晶颜色，是指天然形成的颜色，而不包括人为的颜色。目前市场上有五颜六色的“水晶制品”，相当一部分是仿冒的所谓水晶制品，看颜色就可以鉴别出来。
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